In un mondo sempre più lacerato dalla guerra e dall'ingiustizia, che fa valere la prepotenza del più forte, i Missionari Comboniani confermano il loro impegno preferenziale per i più poveri e schiavizzati della terra, secondo l'esempio di San Daniele Comboni

Mons. Comboni morì a Khartoum il 10 ottobre 1881, prima di poter consolidare le sue istituzioni che aveva concepito su scala internazionale. Dopo che le missioni furono distrutte durante la rivolta mahdista, il suo successore, Mons. F. Sogaro, nel 1885 chiese ed ottenne dalla Santa Sede che l'Istituto fosse trasformato in Congregazione religiosa con il nome di "Filii Sacri Cordis Jesu": La direzione dell'Istituto fu affidata ad alcuni sacerdoti della Compagnia di Gesù che aiutarono l'Istituto comboniano a rafforzare la forma di vita consacrata con voti. Le prime professioni avvennero nel 1887. La Congrgazione ricevette l'approvazione ufficiale mediante il "Decretum laudis" del 7 giugno 1895. Il primo capitolo generale della Congregazione si tenne nel 1899.
Il 19 febbraio 1910 furono approvate definitivamente le costituzioni nelle quali si stabiliva che lo scopo dell'Istituto è la conversione dei popoli dell'Africa centrale e "di altri popoli che venissero affidati all'Istituto dalla S. Congrgazione di Propaganda Fidae".
A causa di tensioni che emergevano all'interno dell'Istituto, la S. Congregazione di Propaganda Fide, con riluttanza, il 27 lujglio 1923 decise la divisione dell'Istituto in due Congregazioni di cui una, composta in gran parte di membri italiani, mantenne il nome originario di "Figli del S. Cuore di Gesù" (FSCJ), e l'altra, con membri in maggioranza di lingua tedesca, prese il nome di "Missionari Figli del S. CUore di Gesù" (MFSC).
Ambedue gli Istituti si svilupparono autonomamente, anche se la spinta internazionale si allentò.
Ciononostante sia la finalità che la vocazione missionaria rimasero sostanzialmente immutate. In risposta alla voce dello Spirito che indicava la maturazione di nuovi tempi per l'America Latina, e alla S. Sede che chiedeva il coinvolgimento di tutta la Chiesa missionaria, nuovi campi di lavoro venivano aperti in quel continente.
Il desiderio della riunione, mai spento e la presenza crescente della memoria del Fondatore, ricevettero nuovo stimolo dal Concilio Vaticano II.
Il 2 settembre 1975 i due capitoli generali, convocati in sessione congiunta ad Ellwangen/Jagst (Germania), decisero in base ad un ordinamento giuridico speciale, la riunione delle due Congregazioni in un unico Istituto. La decisione fu ratificata da una stragrande maggioranza dei membri dei due Istituti attraverso un referendum.
Il 22 giugno 1979, solennità del S. Cuore di Gesù, giorno dell'apertura del XII Capitolo Generale speciale con un decreto della S. Congregazione per l'Evangelizzazione dei Popoli, fu sancita ufficialmente la riunione delle due Congregazioni comboniane. Il nuovo nome dell'Istituto riunito è: "Missionari Comboniani del Cuore di Gesù" (MCCJ).
Rileggendo la loro storia, i Missionari Comboniani riconoscono che l'azione dello Spirito Santo, da cui, attraverso il FOndatore, il loro Istituto trae origine, li ha guidati ad una maggiore comprensione e alla realizzazione dell'ispirazione originaria.
Questa storia è stata portata avanti dall'umile sacrificio dei confratelli che hanno dedicato tutta la loro vita per il Vangelo.