Uma data importante para Comboni foi o dia 15 de Setembro de 1864. Durante o tríduo de preparação à beatificação de Margarida Maria Alacoque, enquanto Comboni rezava no túmulo de São Pedro em Roma, teve a inspiração do seu “Plano para a Regeneração da África”.
Escreveu-o em três dias e apresentou-o ao Prefeito da Propaganda Fide, o Cardeal Alessandro Barnabó.
Encorajado pelo mesmo Cardeal, Comboni iniciou uma viagem de Animação Missionária pela Europa.
Quando passou por Turim, Itália, publicou a primeira edição do “Plano”, e empenhou-se em divulgá-lo em toda a Europa.
Os princípios sobre os quais se articulava o “Plano” de Comboni eram:
1º A evangelização da África é responsabilidade sobretudo dos africanos,
2º Chamar a atenção de toda a Igreja para a sua responsabilidade de promover a evangelização da África, com a colaboração de todas as forças missionárias masculinas, femininas, religiosas e leigas,
3º Fazer caminhar juntas a Evangelização e a promoção umana e
4º Toda a actividade missionária deve ser orientada para a criação e construção de comunidades cristãs estáveis.

Dos Escritos de Comboni:
“No ano de 1864 a 18 de Setembro, enquanto me encontrava em Roma na Basílica de S. Pedro e assistia à beatificação de S. Margarida Maria Alacoque, como um que relâmpago iluminou-se o meu pensamento para propor um novo Plano para a cristianização dos pobres negros, vieram-me como uma inspiração do alto os singulares pontos do Plano.
Em seguida o Plano foi aprovado por Sua Santidade o Papa Pio IX, que o mandou à S. Congregação da Propaganda Fide.
Foi traduzido em várias línguas e fizeram-se várias edições.
Baseando-me neste Plano, a minha intenção era dar à Missão entre os pobres negros da África Central uma sistematização de maior vitalidade e consistência. Fiz então a proposta de fundar na Europa, um lugar adapto, para dois Institutos de ambos os sexos, com a finalidade de formar pessoal para a direcção das missões da África Central, tanto missionários como missionárias.”
Carta à Sociedade de Colónia, 1877. Esc. n° 4799.