P. Raffaele nació en Fontanarosa, provincia y diócesis de Avellino, el 28 de mayo de 1935. Entró en el noviciado de Gozzano, y luego fue a Sunningdale, donde emitió los votos temporales el 9 de septiembre de 1953 y comenzó su escolasticado. Luego, de nuevo como escolástico, fue a Venegono e hizo allí su profesión perpetua el 9 de septiembre de 1959 y fue ordenado sacerdote el 2 de abril de 1960.
Dos meses después de su ordenación fue enviado a Uganda y asignado a Nabilatuk como párroco. Permaneció allí hasta mediados de 1964 y luego, de nuevo como párroco, fue enviado a Amudat durante tres años y luego a Moroto, hasta finales de 1973.
Giancarlo Guiducci escribe: "Encontré al padre Raffaele en Karamoja en septiembre de 1969, cuando fui a la misión por primera vez. Estaba destinado a Matany y el Padre Raffaele me dio su primer consejo: quédate aquí en Moroto por unos días, al menos puedes "asentarte" en África. Ese año, en Moroto, había construido la catedral. Durante unos años estuvimos en Karamoja, "vecinos". Luego fui a Amudat, una misión que había comenzado unos años antes. En Amudat P. Raffaele fue recordado con simpatía y estima. Un joven musulmán se jactaba de haber estado en una escuela religiosa, con el P. Raffaele, el primero de su clase. Con el peligro de ser expulsado de Uganda, fue el Padre Raffaele quien buscó un sacerdote ugandés que pudiera ser nombrado Vicario de la diócesis de Moroto. Fue él quien insistió en que se eligiera a un ugandés como sucesor de Mons. Mazzoldi".
En 1974, el Padre Raphael fue elegido Superior Provincial de Kenya. En 1975 estuvo en Italia para el Capítulo General, primero en Roma y luego en Ellwangen. En 1976 fue reelegido. En 1978, después de un período de vacaciones en Italia, fue a los EE.UU. para los Días Misioneros. Luego, fue enviado a Nápoles por dos años como superior.
En 1981 fue enviado a Nairobi, como Delegado del Superior General para el Sudán Meridional, donde el Consejo General tenía la intención de iniciar una nueva Circunscripción. Seguimos para ese período lo que el P. Francesco Chemello escribe en su libro Una larga historia de amor: "El P. Raffaele Cefalo estaba en la Casa Provincial Comboniana de Kenia para preparar la entrada en el Sur de Sudán por mandato del Superior General, P. Salvatore Calvia: para preparar el camino de una posible nueva Circunscripción en el Sur de Sudán. Lo más importante en ese momento era obtener el permiso para entrar en el sur de Sudán. Se le aconsejó que lo obtuviera de Nairobi porque, según dijeron, sería más fácil que en Jartum. De hecho, después de explicar que trabajarían en el campo de la educación y en la construcción de escuelas, en pocos días obtuvieron todos los permisos necesarios. Calvia y su Consejo habían confiado esta tarea al P. Cefalo, pero aún no se le había explicado en detalle. Cefalo pidió al Superior General que aclarara mejor lo que esperaba de él. Habiendo comprado un Toyota Land Cruiser y todo lo necesario, el Padre Cefalo comenzó su viaje de Nairobi a Juba junto con el Padre Cesare Mazzolari y el Hermano Mario Rossignoli. Llegó a Juba el 1 de junio de 1981. El 8 de junio, en presencia de sus Consejeros, el P. Pietro Ravasio y el P. Giuseppe Ukelo (vicerrepresentante), se celebró la primera reunión del Consejo de Representantes (este era el nombre utilizado entonces). De hecho, con la llegada del P. Cefalo como Representante Especial del Superior General, el Sur se había separado de Khartoum 'ad experimentum'. El P. Cefalo no perdió tiempo en Juba, pero trató de aprender más sobre la situación en el Sudán meridional, especialmente en lo que respecta al personal. En marzo de 1983, el P. Cefalo fue elegido Superior de la Delegación del Sudán Meridional. Al final de su mandato, el P. Salvatore Calvia expresó su profunda gratitud por lo que el P. Cefalo había hecho en los tres primeros años de la nueva Circunscripción y por el entusiasmo y el coraje con que había afrontado la compleja situación de la época. Después de sus vacaciones, el Padre Cefalo fue asignado a Rumbek para ayudar en las escuelas de los Combonianos. En enero de 1986, el Consejo Provincial decidió retirarlo de Rumbek debido a la falta de seguridad. El 27 de marzo de 1987, de hecho, Mons. Pellerino y el P. Cefalo fueron hechos prisioneros por el SPLA y llevados a Boma, en la frontera con Etiopía, y el 15 de agosto fueron liberados.
Inmediatamente después, continúa el P. Guiducci, "el P. Raffaele regresó a Italia, a Roma, antes de terminar de nuevo en Kenya. Esta segunda estancia en Kenya se dedicó exclusivamente al apostolado. Un breve intento en Kabicbich entre los Pokot, el mismo grupo étnico que Amudat, y luego entre los Turkana. Reconstruyó la iglesia de Lokori, y de 2003 a 2016 estuvo en Nakwamekwi, de nuevo entre los Turkana. La lengua Turkana es similar, por no decir igual, a la de los Karimojong. El padre Raffaele tenía un carácter fuerte y autoritario. En el coche, como dijo, siempre tenía que conducir, no confiaba en nadie más. Por eso le disgustaba a algunos. Sin embargo, ayudó a muchos, incluyéndome a mí con 45.000 dólares para construir la escuela de niñas en Kacheliba. Me confió que este carácter suyo lo conducía a ser criticado hasta los extremos. Hasta el punto de que tuvo que dejar Turkana. En 2017, ya anciano y con un físico probado por diversas patologías, regresó a Italia para siempre y todavía quería un compromiso, que continuó hasta que fue obligado a usar una silla de ruedas. En esta última condición, no llegué a verlo. Y me resulta difícil imaginarlo, habiéndolo conocido como un hombre luchador y decidido al servicio del Reino de Dios". P. Raffaele murió en Milán por complicaciones respiratorias debidas al Covid-19 el 10 de abril, 2020.